2006年2月 校區(qū)防洪堤工程開工。壩段全長(zhǎng)1150米，造價(jià)300多萬元，永泰縣水利水電工程公司中標(biāo)承建。
2006年3月 二期學(xué)生公寓與食堂工程開工，造價(jià)約1700萬元，由福建六建建工集團(tuán)公司中標(biāo)承建。
2006年3月 成立“平安校園”創(chuàng)建工作領(lǐng)導(dǎo)小組，陳明非任組長(zhǎng)，陳雄任副組長(zhǎng)。特聘荊溪派出所林存永副所長(zhǎng)為院綜治辦副主任。
2006年4月 福建省衛(wèi)生廳黨組對(duì)院領(lǐng)導(dǎo)班子及其成員進(jìn)行考核。
2006年4月 成立教職工防洪抗險(xiǎn)隊(duì)（3個(gè)分隊(duì)），先后兩次排除洪水倒灌和管涌險(xiǎn)情，為確保學(xué)校師生生命財(cái)產(chǎn)安全發(fā)揮了重要作用。
2006年4、5月 舉辦校園文化藝術(shù)節(jié)。
2006年5月 田徑運(yùn)動(dòng)場(chǎng)竣工，通過驗(yàn)收投入使用。
2006年6月 成功承辦福建省衛(wèi)生系統(tǒng)2006年運(yùn)動(dòng)會(huì)，有12個(gè)代表團(tuán)、800多名運(yùn)動(dòng)員參賽。
2006年7月 院黨建和思想政治工作研究會(huì)成立大會(huì)暨2006年年會(huì)、第二十屆教研科研學(xué)術(shù)交流會(huì)召開。陳明非當(dāng)選研究會(huì)會(huì)長(zhǎng)，魏立娜、陳雄當(dāng)選副會(huì)長(zhǎng)。
2006年7月 校區(qū)防洪堤工程竣工。
2006年7月 06屆學(xué)生畢業(yè)，其中大專生241名，中專生1038人，合計(jì)1279人。
2006年8月 公開招聘輔導(dǎo)員15人、教師3人，并進(jìn)行全日制集中培訓(xùn)。
2006年8月 與長(zhǎng)春醫(yī)高專共同承辦在長(zhǎng)春舉行的全國高職高專教育藥學(xué)專業(yè)設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)研討會(huì)，并受聘教育部委托，由我校牽頭負(fù)責(zé)制訂藥學(xué)專業(yè)設(shè)置基本標(biāo)準(zhǔn)。
2006年9月 新學(xué)年招收五年專新生850人，中專新生430人。
2006年9月 召開慶祝教師節(jié)暨2005－2006學(xué)年表彰大會(huì)，表彰教職工先進(jìn)集體6個(gè)、先進(jìn)個(gè)人91人。
2006年9月 藥物制劑技術(shù)和醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)兩個(gè)大專新專業(yè)通過福建省教育廳專家組辦學(xué)條件和教學(xué)管理檢查。
2006年9月 全院固定資產(chǎn)核查清理工作結(jié)束。 2006年10月 二期學(xué)生公寓與食堂工程竣工投入使用。
2006年10月 福建省高等院校設(shè)置專家組對(duì)我院申報(bào)福建醫(yī)學(xué)高等專科學(xué)校工作進(jìn)行檢查指導(dǎo)。在此前后，申報(bào)醫(yī)高專和申請(qǐng)福建衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院教育部報(bào)備工作緊鑼密鼓進(jìn)行，并取得較大進(jìn)展。
2006年11月 福建省副省長(zhǎng)汪毅夫，省政府副秘書長(zhǎng)方彥富，省教育廳廳長(zhǎng)鞠維強(qiáng)、副廳長(zhǎng)鄭祖憲，省衛(wèi)生廳副廳長(zhǎng)陳秋立等領(lǐng)導(dǎo)來校視察。上級(jí)領(lǐng)導(dǎo)對(duì)我校近年來的發(fā)展給予了高度評(píng)價(jià)。
2006年11月 第二十九屆學(xué)生代表大會(huì)召開。
2006年11月 舉辦2006年體育節(jié)。這是我校遷入新校區(qū)后的第一個(gè)體育節(jié)，盛況空前。
2006年11月 與閩侯縣公安消防一中隊(duì)聯(lián)合進(jìn)行學(xué)生消防逃生演練。
2006年11月 教工餐廳自助午餐開業(yè)。
2006年12月 出版首期《福建職業(yè)技術(shù)學(xué)院學(xué)報(bào)》。
2006年12月 藥學(xué)系制劑實(shí)訓(xùn)車間工程開標(biāo)，福建鵬興建設(shè)工程有限公司中標(biāo)，工程造價(jià)200萬元。
2006年12月 申報(bào)衛(wèi)生檢驗(yàn)與檢疫技術(shù)、口腔醫(yī)學(xué)技術(shù)、生物制藥技術(shù)、醫(yī)學(xué)影像技術(shù)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)五個(gè)大專新專業(yè)獲福建省教育廳標(biāo)準(zhǔn)。
2006年12月 屏障系統(tǒng)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)室獲福建省科技廳頒發(fā)的STF級(jí)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物使用許可證，認(rèn)定等級(jí)在我省醫(yī)藥類學(xué)校中僅次于福建醫(yī)科大學(xué)。
2006年12月 校區(qū)一期基建工程通過福州市建筑工程消防驗(yàn)收。
2006年12月 福建省省屬高等院校安全條件檢查組來校檢查?！捌桨残@”創(chuàng)建工作受到好評(píng)。
